宋英宗赵曙登基之初，正值新旧皇权交替、朝野人心未定之际。由于多年谨慎自持、心态郁结，加之临朝承重、操劳过度，英宗即位不久便重疾缠身、难以亲理朝政。为稳定初朝大局、镇抚内外百官，曹太后再度垂帘听政、总揽军国大政，形成太后临朝、新帝养病的权力过渡格局。
然而皇权过渡期最易滋生宫闱嫌隙。宫中部分宦官素来趋炎附势、搬弄是非，见新帝体弱多病、太后手握全权，便屡次在曹太后身前谗言诋毁、恶意中伤宋英宗，刻意放大君臣礼节的细微瑕疵、歪曲英宗言行本心，不断挑拨两宫关系。久而久之，曹太后对英宗渐生隔阂猜忌、心生不满，而英宗身处深宫、久病体虚、无从自白，亦对太后的猜忌压制倍感委屈。帝后两宫嫌隙日深、母子失和，宫廷关系一度趋于紧张僵硬，成为英宗初年最大的政治隐患。
为避免宫闱失和动摇国本、化解两宫对峙僵局，当朝核心辅政大臣韩琦、欧阳修主动居中斡旋、苦心调解，分别劝谏太后与新帝，以情理大义消融隔阂。
二人面见曹太后时，先肯定其数十年贤德声望：太后侍奉仁宗先帝数十载，端庄仁厚、通达事理、慈爱宽和，朝野皆知、天下共仰，素来为万民敬仰、百官信服。继而委婉规劝：当今新帝久病缠身、体弱多病，言行举止多有不便，本就身心煎熬、处境艰难。太后身为国母、母仪天下，本该体恤包容、慈爱护持，不必与病中天子计较细故，更不应轻信宵小谗言、郁结母子情义。若长久猜忌对立、苛责新帝，难免令朝野议论、后世非议，有损太后一生贤名，落得世俗继母苛待继子的诟病。情理恳切、句句中肯，令曹太后心意渐缓、怒意消解。
随后，韩琦、欧阳修又入宫面谏宋英宗，开导帝王胸襟、劝其恪尽孝道：自古明君无数、贤君辈出，为何唯独上古虞舜被后世尊为至孝典范？并非其余帝王皆不孝，而是寻常家庭父慈子孝、理所固然，不足称道；唯有父母有过而子女依旧恭谨尽孝、无怨无怼、诚心侍奉，方为至孝大德。太后素来贤明宽厚、绝非狭隘之人，此番隔阂皆因宦官挑拨、误会累积。陛下只需坚守本心、恭顺自持、恪尽子道、至诚侍亲，不必计较一时猜忌委屈，日久人心自现、误会自消，太后终必感念孝心、善待陛下。
在宰辅重臣的苦心调和、情理双劝之下，帝后二人纷纷释然释怀、放下芥蒂，两宫矛盾逐步消解、母子关系趋于缓和，宫廷政局重归安稳，为英宗后续亲政铺平道路。
治平元年（1064年）五月，经过数月休养调理，宋英宗病体彻底康复、身心痊愈，具备亲理朝政的能力。曹太后审时度势、恪守礼制，主动撤帘归政、还政于帝，结束垂帘听政，朝政大权正式回归宋英宗手中，北宋皇权过渡圆满完成。
英宗亲政仅半月，宰相韩琦等执政大臣便率先提出朝野争议已久的濮王名分议题，请求朝廷礼官议定英宗生父濮安懿王赵允让的尊号、礼制与称谓。彼时仁宗驾崩已然一十四月，丧期未完全终结，英宗处事审慎、顾及礼制人情，特意批示暂缓议论，下令待仁宗大祥之礼结束后再行廷议，恪守丧礼规制、以示尊崇先帝，避免仓促议礼引发朝野非议。
同年，北宋大范围爆发严重洪涝灾害，灾情波及极广、受灾地域横跨南北。京畿腹地连同宋、亳、陈、许、汝、蔡、唐、颍、曹、濮、济、单、濠、泗、庐、寿、楚、杭、宣、洪、鄂、施、渝等二十余州，以及光化军、高邮军两处军镇，大水漫溢、良田淹没、民居损毁、百姓流离，多地粮田绝收、民生凋敝。
面对特大天灾，宋英宗体恤民情、勤政爱民，迅速启动救灾机制。他即刻派遣朝廷使臣分赴各受灾州县，实地巡视灾情、安抚流民、督察救灾；组织民力疏浚河道、疏导积水、修复堤岸，根治水患根源；同时大开仓廪、赈济灾民、安抚流离百姓，并全面免除灾区百姓赋税徭役，减轻灾后民生负担，全力恢复地方生产、安定天下民心。
在边疆民族事务上，治平元年西南边陲亦有安定之绩。西蕃部族首领瞎毡之子瞎欺米征审时度势、仰慕大宋德化，率部归附朝廷，进一步稳固了北宋西南边疆的部族秩序与边境安宁。
治平二年（1065年）四月初九，朝政大局稳固、仁宗丧期渐近尾声，韩琦等宰辅重臣再度上奏，重启濮王尊号礼制议题。宋英宗遂正式下诏，将此事移交太常礼院，命两制以上高级文武官员集体廷议，审慎裁定濮安懿王的身份尊号、祭祀礼制与君臣名分。
此番礼制讨论，迅速引爆朝堂舆论，朝臣分为两大派系、针锋相对、相互辩难：以韩琦、欧阳修为首的执政派，主张英宗本为濮藩子嗣、入继大统，应当尊崇本生、尊濮王为皇考；以司马光、吕诲为首的台谏派，坚守宗法正统，认为帝王既继仁宗帝统，当以仁宗为皇考、濮王为皇叔，不可双重尊亲、紊乱宗法。
这场关乎皇权正统、宗法礼制、人伦孝道的朝堂大辩论，前后持续一十八个月之久，争议旷日持久、朝野震动、百官纷纭，便是北宋中期著名的濮议之争。
治平三年（1066年），朝政争议依旧未息。中书省执政大臣齐聚垂拱殿集体合议定议，恰逢韩琦在家私祭未朝，英宗特意遣使专程召其入宫参会，以示重视。众臣反复斟酌礼制、权衡情理，最终初步议定：尊濮安懿王为皇考，承认英宗本生生父的帝号尊荣。由欧阳修亲笔草拟两份诏书，拟定正式礼制条文，一份留中书存档、一份交由宋英宗御览留存，预备颁行天下、终结争议。
当日正午，宫廷局势突现转机。曹太后派遣宦官专程送达一封亲笔签押的封密文书至中书省。韩琦、欧阳修等人开阅之后相视释然、心中大定——这份文书，正是此前欧阳修草拟、议定濮王尊号的诏书底稿，文末已然补上曹太后亲笔签押，代表太后最终默许、认可尊濮王为皇考的定论。
有太后盖章背书、宫廷达成一致，宋英宗当即下诏停止朝野无谓争议、终结濮议论战。为平稳收束政局、安抚朝野人心、平息百官对立情绪，英宗再度召集宰辅执政大臣共商对策，权衡朝堂派系平衡、稳定朝政秩序。最终为终结纷争、惩戒过激言事、杜绝党争激化，采纳欧阳修等执政大臣建议，将吕诲等三名执意抗辩、言辞过激、激化矛盾的御史贬出京师，旷日持久、震动朝野的濮议之争至此尘埃落定。
濮议落定、朝政安定之后，宋英宗身心再度透支、旧疾复发。治平三年（1066年）十一月初八，英宗病情急剧加重、卧床不起、难以视朝。为稳固国本、杜绝日后储位纷争、保障皇权平稳传承，在宰相韩琦反复进谏、极力恳请之下，英宗于同年十二月正式下诏，册立皇长子赵顼为皇太子，提前定立国本、安定朝野人心，即为日后锐意变法、开创熙宁新政的宋神宗。
宋英宗虽在位日短、久病缠身，却心怀礼法、体恤人伦、洞察制度弊端，存有改制向善的明君之心。他曾私下对太子赵顼坦言自己长久以来的礼制思考：本朝旧有制度，勋臣士大夫子弟尚可得尚公主、迎娶帝女。然长期以来，公主自恃帝女尊贵、身份超然，成婚之后规避公婆尊长、不拜舅姑、逾越人伦尊卑，富贵压过礼法、身份凌驾长幼，于人情天理、纲常伦理全然不合。
英宗对此长久耿耿于怀、昼夜不安，认为不可因皇室富贵、身份尊贵，颠倒长幼次序、违背人伦孝道。他本欲下诏有司、修订旧制、更改此例，重整婚嫁礼法、端正尊卑秩序、匡正天下人伦。奈何此后病情持续恶化、缠绵病榻、无力理政，这一礼制革新心愿最终未能付诸实施、抱憾未成。
治平四年正月丁巳（1067年1月25日），宋英宗赵曙久病不治、驾崩于皇宫福宁殿，年仅三十六岁。英宗崩逝后，朝廷依礼殡于殿西阶，群臣议定庙号英宗，上尊谥为宪文肃武宣孝皇帝。同年八月二十七日，归葬于河南府永安县永厚陵（今河南巩义孝义堡），走完短暂却恭谨仁厚、守成有度的帝王一生。
宋英宗在位仅四年，一生多病、享国短暂，虽未建立旷世功业，却恭俭仁孝、勤政爱民、谨守祖宗法度、体恤天下苍生，调停两宫、安定灾荒、平稳传位，为北宋仁宗盛世向神宗革新时代的平稳过渡，起到了至关重要的承接作用。