中和四年（884年），黄巢经王满渡大败后主力尽丧，兵败奔逃，最终穷途末路，殒命于狼虎谷（今山东莱芜西南）。纵横天下十余年的黄巢起义就此彻底覆灭，大唐心腹大患暂时消解。但乱世并未止息，原本归降黄巢、盘踞蔡州的藩镇秦宗权，趁天下无主、中原空虚之机，全盘接手黄巢残余兵马与地盘，取代黄巢成为中原最凶悍的割据势力，自此祸乱关东各州。
秦宗权为人残暴嗜杀，治军毫无纲纪，纵容麾下兵马四面出寇、四处劫掠，肆意侵掠周边所有藩镇州县，所过之处烧杀屠掠、鸡犬不留，中原大地再度陷入战火浩劫。不久，秦宗权调集重兵大举围攻汴州，直指朱温的根基大本营。彼时朱温新平黄巢，兵马疲弊、城防初修，骤然遭遇秦宗权倾巢来攻，兵力悬殊、四面被围，局势岌岌可危，陷入开国以来最危急的生死困境。
危急存亡之际，朱温即刻遣使奔赴郓州，向天平节度使朱瑄紧急求援。朱瑄素知朱温勇武，亦深知唇亡齿寒、中原安危一体，当即不计利害，派遣麾下骁勇善战的从弟朱瑾率领精锐郓兖兵马星夜驰援汴州。联军合势，于合乡之地正面迎击秦宗权叛军，一举大破其围城主力，成功解除汴州危局，救下朱温与宣武军。
经此生死相救，朱温对朱瑄、朱瑾兄弟心怀莫大感激，为固结外援、稳固中原同盟，他主动与朱瑄结为异姓兄弟，彼此约为唇齿、守望相助，汴郓二镇就此结成稳固的军事同盟，成为朱温早期立足中原的重要依仗。
同年九月二日，唐廷感念朱温连年征战、屡破巨寇、保全中原藩镇的赫赫功勋，下旨就地加封朱温为检校司徒、同平章事，晋封沛郡侯，赐食邑一千户。此时的朱温，已兼具藩镇实权与宰辅虚名，正式跻身大唐高阶勋臣之列。
光启元年（885年）春，秦宗权休养兵马、恢复势力后，再度兴兵寇掠，派遣部众大举侵扰亳州、颍州二地，州县告急、百姓惶惶。朱温闻讯即刻整军，亲率宣武军主力驰援二州。大军疾驰至焦夷地界，与秦宗权劫掠的叛军主力正面遭遇。朱温督军猛攻，将士奋勇厮杀，一战斩杀敌军数千余人，大破贼兵主力，生擒敌军大将殷铁林。为震慑四方贼寇、警示叛逆，朱温下令将殷铁林斩首，悬首城门昭示军威，肃清边境匪患后，方才整师返回汴州。
历经数年流亡奔波，大唐朝廷局势稍有安定。同年三月，唐僖宗自蜀地启程返还长安，光复京师，改元光启，意在重整朝纲、平复乱世。四月十四日，朝廷再叙朱温前后战功，叠加恩宠，加封朱温为检校太保，将其食邑增至一千五百户，恩遇愈发隆重。
然大唐颓势已然难挽，藩镇割据、将帅擅权、权臣乱政的局面积重难返。十二月，河中、太原兵马逼近京畿，长安再度面临兵锋威胁，朝堂震荡、人心惶惶，唐僖宗无力御敌，只能再度放弃长安，仓皇移驾逃往凤翔避难，关中局势再度崩坏。
光启二年（886年）春，天下乱象愈演愈烈，秦宗权势力达到顶峰，寇掠之举愈发猖狂暴虐。彼时李唐皇室权威彻底崩塌，中央兵权旁落，天下诸道、诸州藩镇各自拥兵自重，大多不听从朝廷调遣，朝廷无兵无势、形同虚设，根本无力节制四方叛逆。
秦宗权借此乱世良机，肆意纵横中原、无人可制，大军接连攻陷汝州、洛州、怀州、孟州、唐州、邓州、许州、郑州等中原重镇。其军残暴无道，所到之处屠戮百姓、焚毁屋舍、劫掠一空，方圆数千里土地荒芜、人烟断绝、城郭为墟，千里中原几乎沦为无人区。偌大关东大地，唯有宋州、亳州、滑州、颍州数城，凭借城防坚固、守军死战，得以闭城固守、勉强自保。
作为中原屏障的朱温，常年领兵四处驰援、转战各地，独力抗衡秦宗权数十万大军。连年苦战之下，战事胜负无常、互有攻守，时而大胜破贼，时而疲于败退。周遭州县百姓目睹战乱残酷，日夜惶恐不安，生怕朱温一旦战败，城池陷落，自己便会沦为秦宗权叛军屠戮劫掠的牺牲品，终日活在战火惊惧之中。
三月一日，朝廷为嘉奖朱温独撑中原、力抗巨寇的劳苦，再度下诏册封其为沛郡王。与此同时，中原藩镇再度生变，滑州义成军节度使安师儒治军无方、人心不附，麾下牙将发动兵变叛乱，推翻安师儒的统治，牙将张骁擅自自立，号称滑州留后，割据滑州作乱。
滑州地处汴州北面，地理位置至关重要，若落于乱臣之手，将直接威胁宣武军北侧安全。朱温当机立断，派遣心腹大将朱珍、李唐宾率军征讨滑州叛军。二将用兵迅猛，一战平定滑州之乱，诛杀乱党、收复滑州全境。战后朱温稳妥布局人事，任命亲信将领胡真为滑州留后，将滑州纳入自己的势力版图，进一步扩张宣武军的掌控范围。
同月，因关中战火不息、局势动荡，唐僖宗再度移驾，奔赴兴元府避难，帝王流离、国无宁日。十二月，朝廷再增朱温官爵，下诏加封其为检校太傅，改封吴兴郡王，食邑增至三千户，朱温的爵位、权势、食邑节节攀升，声望冠绝中原。
光启三年（887年）春二月一日，朱温奉朝廷诏令，命心腹猛将朱珍担任淄州刺史，前往关东东道各州大肆招募新兵、扩充军力、整补军备。朱珍办事干练、招募得力，短短十日之间，四方壮士、流民、散兵争相投军，应募者多达一万余人，宣武军兵力瞬间大幅充盈。
四月八日，朱珍率领新募兵马返回汴州，新军士气高昂、阵容规整。朱温检阅新军之后，意气风发、信心大增，对左右诸将慨然说道：“吾争霸天下、平定乱世之大事，可成矣！”
彼时秦宗权早已集结重兵，再度兵临汴州，对朱温形成合围压制之势。其部将张日至驻军汴州北郊，秦贤屯兵版桥，两大主力各自拥兵数十万，连营相望、栅栏相连，营垒绵延二十余里，军阵浩大、兵势鼎盛，旌旗遍野、甲仗如山，对汴州形成泰山压顶之势。
面对强敌压境，朱温冷静研判战局，对麾下诸将分析利弊：“贼军如今依山据险、连营固守，养精蓄锐、蓄势待发，必然伺机大举进攻我汴州。秦宗权素来轻视我军兵力单薄，又不知朱珍新募万余精兵已然归营，料定我军兵力不足、心怀畏惧，只能闭门坚守、被动防御。如今我正当出其不意、先发制人，趁其不备主动破敌！”
计议已定，朱温亲自率领精锐兵马，连夜突袭秦贤的大营。秦军毫无防备、军心大乱，宣武将士奋勇冲杀、以一当十，连战连捷，接连攻破秦军四座大营，斩杀贼军一万余人。此战以少胜多、势如雷霆，时人皆惊叹此战神速奇绝，以为有神兵相助。
二十七日，秦宗权麾下另一员大将卢瑭，统领一万余精锐士卒，进驻圃田北面万胜戍，沿汴水两岸扎下连营，横跨汴水搭建浮桥，意图扼断汴州水运粮道、封锁河道交通，彻底困死汴州。朱温洞悉敌军计谋，亲自挑选精锐锐卒，连夜奔袭、隐秘进军。
大军进发之时，天降漫天大雾，迷蒙蔽日、咫尺难辨，朱温大军潜行至卢瑭军营之外，敌军方才察觉敌情。战机转瞬即逝，朱温即刻下令全军突击，将士奋勇冲入敌营肆意掩杀。卢军猝不及防、全线崩溃，士卒慌乱逃窜，大量士兵被逼坠入汴水溺亡，尸浮河面、血染江水，主将卢瑭兵败绝望，投河自尽而死。
经此两场大捷，秦宗权布置在河南一带的重兵防线接连崩塌，各部叛军闻风丧胆、士气尽丧，再也不敢轻易逼近汴州，嚣张气焰大幅收敛。
五月三日，朱温整顿兵马，自汴州酸枣门亲自领兵出城，与秦宗权主力大军正面展开白刃血战。两军从清晨激战至正午，短兵相接、厮杀惨烈，最终宣武军大破秦宗权主力，乘胜追杀二十余里，沿途贼军尸横遍野、堆积如山，叛军精锐损失惨重。
连遭惨败的秦宗权羞愤交加、恼羞成怒，暴戾心性愈发炽烈。他不甘败于兵力远少于自己的朱温，亲自带领亲随猛将，从郑州火速驰援，径直冲入部将张晊的军营，坐镇指挥、意图反扑。
五月八日，此前驰援结盟的兖、郓、滑三州援军尽数抵达汴州，各路联军集结于汴水沿岸列阵对峙。联军甲胄鲜明、器械精良、旌旗蔽日、军容盛大，兵威浩荡、气势如虹。秦宗权登高观望，见朱温联军军势鼎盛、兵甲森严，心生怯意、不敢出战，只能紧闭营寨、消极固守。
次日，朱温号令全军，指挥四路联军同时发动总攻。大军自凌晨四时猛攻至午后四时，连战十二时辰，大破秦宗权全军，一战斩杀叛军两万余人。日暮收兵之时，联军缴获的牛马牲畜、粮草辎重、兵器铠甲、俘虏人口不计其数，斩获空前丰厚。
当夜，屡战屡败、军心溃散的秦宗权与张日至自知大势已去，不敢再战，趁着夜色掩护，偷偷弃营逃窜。朱温即刻挥军连夜追击，一路追至阳武桥，方才收兵回师。
自此之后，秦宗权手握数倍于朱温的兵力，却屡屡惨败、连战皆输，心中愤恨羞怒、怨气滔天。败退撤入郑州之后，暴戾无度的秦宗权迁怒百姓，纵容士兵大肆屠戮郑州城内百姓、劫掠民宅、毁坏城郭，残暴肆虐许久，方才率军撤离郑州。
惨败之后，秦宗权不敢再集中主力与朱温决战，只能将剩余兵马分散布防于陕州、洛州、孟州、怀州、许州、汝州等各处州县，试图分兵固守、拖延战局。但其麾下将士早已被朱温打破胆气、人人惊惧、畏如虎狼。此后但凡朱温大军兵锋所至，各处守城叛军皆望风溃散、弃城而逃，不敢有丝毫抵抗，秦宗权的割据势力彻底陷入土崩瓦解的颓势。
文德元年（888年）三月三日，唐僖宗驾崩，唐昭宗李晔即位。昭宗素有重振朝纲、平定乱世之志，锐意革新、力图中兴，亟需依仗朱温这般强藩平定内乱、稳固社稷。
龙纪元年（889年）二月，穷途末路的秦宗权集团彻底内讧崩塌，其麾下心腹大将申丛见大势已去、不愿再随逆贼覆灭，决意弃暗投明、幡然倒戈，发动兵变生擒秦宗权，打断其双腿、将其囚禁，随即派遣使者奔赴汴州，向朱温纳款归降、禀报擒贼捷报。朱温即刻上奏朝廷，当日奉诏任命申丛为淮西留后，安抚蔡州局势。
不料内乱再起，申丛尚未稳固局势，便被同阵营部将郭璠斩杀。同月，郭璠诛杀申丛后，彻底掌控蔡州局势，将囚于营中的秦宗权押解送至汴州，献给朱温请功。
朱温彻底平定蔡州、擒获巨寇秦宗权，终结数年中原大乱。随后他命人打造囚车，将首恶秦宗权押送长安，交由朝廷处置。大军抵达长安后，唐昭宗亲临延喜楼，举行受俘大典，接受逆贼俘虏，随后下诏将秦宗权押至长安独柳树下当众斩首，肆虐中原数年、屠戮千万百姓的蔡州巨寇就此伏诛，历时数年的蔡州之乱彻底平定，中原大地重归安宁。
唐昭宗为嘉奖朱温平定巨寇、再造中原的盖世奇功，特下诏为朱温增加实封食邑一百户，赏赐皇家庄园、府宅各一处，极尽恩赏。
同年三月，朝廷再度叠加殊荣，加封朱温为检校太尉、中书令，破格晋封东平王。此时的朱温，凭一己之力扫平中原最大割据势力，手握汴、滑、宋、亳、陈、蔡等中原核心州县，兵权、地盘、爵位、声望皆冠绝天下，正式成为唐末中原第一强藩，为日后挟制朝廷、掌控天下、代唐建梁奠定了无可撼动的根基。